Канадские меха вытесняли пушнину Российско-Американской компании с китайского рынка. Как показал Окунь, несмотря на высокое качество сырья, Российско-Американская компания получала меха среднего, а иногда и низкого сорта из-за скверной их обработки. Овладеть новыми рынками компании оказалось не под силу. Сбыт мехов на внутреннем рынке в России также был подорван: серьезным ударом для Российско-Американской компании было введение барашковых воротников взамен воротников из речного бобра в обмундировании русской армии.
Несмотря на все льготы, предоставлявшиеся вплоть до середины 50-х годов XIX в. русским правительством Российско-Американской компании, отстранявшим с ее пути конкурентов в меховой торговле на внутреннем рынке, разрешавшим компании на льготных условиях ввозить из Китая обмененный на пушнину чай (компания ежегодно ввозила 30 процентов общего количества импортируемого в Россию китайского чая), финансовое положение компании резко ухудшилось, и к 1867 г. ее задолженность по пошлинам превышала уже 700 000 руб.
Ухудшение состояния основного источника доходов — пушного промысла — не могло не отразиться на положении всех остальных отраслей хозяйственной деятельности Российско-Американской компании на Аляске. Трудности усугублялись перебоями в подвозе хлеба: в Калифорнии цены на зерно подскочили втрое из-за наплыва туда большого числа поселенцев после открытия месторождений золота в 1849 г.; доставлять хлеб на кругосветных судах мешали события, связанные с расстановкой сил различных европейских держав в Крымской войне.
Морской офицер Д.И. Неделькович, находившийся с 1860 по 1865 г. на службе Российско-Американской компании, писал в своем дневнике в Ново-Архангельске 24 июня 1865 г.: «По всему видно, что компанейские дела к настоящему времени не в блестящем положении: застой в главных товарах, мехах и чаях, которых, как слышно, навезено в Петербург различными путями огромное количество. Поэтому теперь компания старается соблюсти во всем наибольшую экономию, и даже есть бумага главному правителю: не прибавлять никому из служащих жалования раньше окончания срока, постараться скорее вычесть долги с задолжавших служащих и, по возможности, меньше выписывать товаров из Виктории и Калифорнии, которые, по случаю войны в Америке, дошли до громадных размеров… Тут и частные жители все страдают, через разорение имущества и оседлости и, кроме того, застой во всех внутренних произведениях… А теперь еще, как нарочно, и из России перестали многие предметы высылать, так что в настоящее время даже ржаной муки нет — предмета, по моему мнению, весьма необходимого для русского, в особенности-рабочего человека».
Сначала суда компании строились в Охотске, но в 1793 г. в селении Воскресенском на Кенайском полуострове была заложена первая верфь в Русской Америке, на которой были построены три судна. Еще два судна были спущены на воду в селении Якутат с 1796 по 1805 г., а с 1816 г. вступила в действие верфь в селении Росс, где было построено до 1824 г. четыре парусных судна (один галиот и три брига).
Однако основным центром судостроения в Русской Америке стал Ново-Архангельск, где строились первоначально парусные, а впоследствии и паровые суда из «душного дерева» (ситхинского кипариса) и ели. По сведениям Тихменева, в течение 1799–1821 гг. в Охотске и на всех верфях Русской Америки было построено 15 судов. Известно, что шхуна «Чириков», сошедшая со стапелей новоархангельской верфи в 1809 г., служила до 1824 г. Между 1818-м и 1825 гг. в Ново-Архангельске был построен только один кутер «Баранов» (парусное судно водоизмещением 30 тонн). В 1853 г. был спущен на воду колесный пароход «Николай I» (60 л. с.), паровая машина для которого была доставлена из США. В 1840–1841 гг. была предпринята первая попытка собственными силами строить в Ново-Архангельске и паровые машины; так, целиком до последнего винта был собран 8-сильный пароход «Мур» (проданный Российско-Американской компанией в 1847 г. по выгодной цене в Сан-Франциско). В 1860 г. для буксирного колесного парохода «Баранов», строившегося в Ново-Архангельске, местными силами была изготовлена паровая машина в 30 л.с. (кроме цилиндров, которые были выписаны из Калифорнии). «Все суда колонии построены, вооружены и экипированы с большим искусством и попечением и управляются отличным образом, — писал В.Н. Мамышев, — они все обиты медью, опрятны и красивы». Однако выгоднее оказалось заказывать суда в Соединенных Штатах, так как построенные там из дуба и сосны суда служили в пять раз дольше построенных в Ново-Архангельске. В 1860–1861 гг. проводивший ревизию капитан 2-го ранга Головин отметил: «Новые суда строятся здесь (в Ново-Архангельске. — С.Ф.) редко, да и то малых размеров».
К 1 июля 1860 г. Российско-Американская компания владела 13 судами: три из них (шхуна «Тунгус», пароходы «Николай I» и «Баранов») новоархангельской постройки, остальные были построены в Нью-Йорке, Портсмуте, Бостоне, Балтиморе, Гамбурге, Любеке.
Поскольку Ново-Архангельск был пунктом назначения русских кругосветных и полукругосветных экспедиций, на местных верфях производился ремонт экспедиционных, а также иностранных судов.
Новоархангельские верфи обслуживались подсобными мастерскими и лесопилками, именовавшимися в колониях «пильными заводами». В литейных мастерских и кузнице Ново-Архангельска помимо изделий, предназначавшихся для флотских нужд, производились некоторые сельскохозяйственные орудия (в частности, плуги) и отливались из меди колокола, которые вывозились в Калифорнию.