В 1798 г. Баранов отправил партию промышленных для занятия оставленных «лебедевскими» двух поселений на озере Илиамна, «из коего выпадает большая река Куиток [Квичак] в северное позад Аляксы море».
В июле — сентябре того же года он посетил Кенайский и Чугатский заливы. Крепостные строения Николаевского и Константиновского редутов были передвинуты на более удобные места. В первом из них управляющим был назначен великоустюжский мещанин, «старовояжный» промышленный, байдарщик кенайской артели компании Шелихова — И.И. Голикова — Василий Иванович Малахов, во втором — помощник Баранова — Иван Александрович Кусков.
Начало нового этапа совпало с окончательным оформлением Российско-Американской компании и предоставлением ей 8 июля 1799 г. исключительных привилегий на все материковые и островные земли в Тихом океане. Район деятельности компании определялся несколькими параграфами «Привилегий»: (§ 1). «По открытии из давных времен Российскими мореплавателями берега северо-восточной части Америки, начиная 55° северной широты, и гряд островов, простирающихся от Камчатки на север к Америке; а на юг к Японии, и по праву обладания оных Россиею пользоваться компании всеми промыслами и заведениями, находящимися ныне на северо-восточном берегу Америки от вышеозначенного 55° до Берингова пролива и за оный, також на островах Алеутских, Курильских и других по Северо-Восточному океану лежащих. (§ 2). Делать ей новые открытия не токмо выше 55° северной широты, но и за оный далее к югу и занимать открываемые ею земли в Российское владение на прежде предписанных правилах, есть ли оные никакими другими народами не были заняты и не вступили в их зависимость. (§ 3). Пользоваться ей всем тем, что доныне в сих местах как на поверхности, так и в недрах земли было ею отыскано и впредь отыщется, без всякого со стороны других на то притязаний». В § 4 компании предоставлялось право, «где она за нужное найдет, заводить селения и укрепления для безопасности жилища». Следующий параграф разрешал «производить ей мореплавания по всем окрестным народам и иметь торговлю со всеми около лежащими державами…».
Изучая политику царского правительства в годы, предшествующие образованию Российско-Американской компании, советские историки С.Б. Окунь, а вслед за ним Н.Н. Болховитинов отмечали, что главным в этой политике в данном случае было не предоставление монопольных преимуществ какой-либо частной компании, пусть даже такой сильной компании, как шелиховская, а стремление создать под прямым контролем правительства мощное монопольное объединение для успешного противодействия иностранной экспансии и прочного овладения Северо-Западом Америки.
По существу, правительство Павла I, создавая Российско-Американскую компанию, действовало точно так же, как правительство Георга III, всемерно укреплявшего в 70–80-е годы XVIII в. Британскую Ост-Индскую компанию. Российское правительство было заинтересовано в том, чтобы превратить пока еще редкую сеть промысловых факторий в свои опорные базы на Алеутских островах и в Северо-Западной Америке. Причем интересы правительства совпадали с интересами влиятельных групп русского купечества, которые приобрели опыт эксплуатации промысловых ресурсов в тихоокеанских водах.
Р.В. Макарова отмечает, что русское правительство должно было энергично вмешаться в дела купеческих компаний еще и потому, что в Северо-Западной Америке нарастала угроза англо-американской торговой экспансии.
Заручившись правительственной поддержкой, Российско-Американская компания в 1799 г. осуществила новый шаг в своем движении на юг, к плодородным землям бассейна реки Колумбия и Калифорнии. Важным объектом на этом пути был Ситха, где английские и американские купцы уже более десяти лет беспрепятственно вели торг с тлинкитами, снабжая их огнестрельным оружием. В июле 1799 г. туда на галере «Ольга» прибыл Баранов с людьми, с тем чтобы основать на Ситхе крепость, которую наименовали «Св. Архистратига Михаила». Отныне районом охоты на морских бобров стали небольшие заливы архипелага Александра. «Впрочем, — отмечал Хлебников, — г-н Баранов имел в виду и политические причины, чтоб распространить владения России до Нутки, дабы предупредить занятие по сему берегу от других народов. Причины сии были одобрены вышним правительством».
Залив Нутка издавна привлекал внимание русских. В 1792 г. Баранов пытался доказать встреченному им в тихоокеанских водах шкиперу судна «Феникс» англичанину Мору, что «берег американской до самой бухты Лтуа, в соседстве Нутки находящейся, принадлежит России по первым ея тех мест приобретениям от времени 1740 года». Этим как бы оговаривалась принадлежность и залива Нутки России. Однако от бухты Льтуа (Литуя, 58° 32') до Нутки было еще значительное расстояние, на котором разместились архипелаг Александра и архипелаг Королевы Шарлотты.
В районе залива Нутка на острове Ванкувер всех опередили испанцы, воздвигнувшие там в 1789 г. поселение, которое, правда, вскоре было ими покинуто и возобновлено в 1792–1795 гг. Еще одно поселение было ими основано в 1792 г. у мыса Флеттери (в современном штате Вашингтон). Право на залив Нутка с 1789 г. оспаривалось англичанами. Конфликт между Испанией и Великобританией разрешился в 1790–1794 гг., когда обе страны пришли к соглашению совместно пользоваться этим районом. Однако в начале XIX в. там уже хозяйничали англичане и американцы, доставлявшие из Нутки и с Шарлоттских островов пушные товары прямо в Кантон, подрывая тем самым русскую торговлю с Китаем через Кяхту. Конкуренция, носившая исключительно острый характер, привела к тому, что вооруженные английским огнестрельным оружием тлинкиты летом 1802 г. напали на крепость Архистратига Михаила и, как доносил Кусков Баранову 1 июля 1802 г., «крепость и все здания превращено в пепел, и люди истреблены». Приходилось думать о том, как «подать помощь к спасению страждущим нашим русским и кадьякским, скитающимся по лесам и изнуренным от голода».